复合土工膜属化学类物质，有机材料，被动防水，易老化，使用寿命有限；膨润土防水毯是天然的无机材料，抗渗体为钠基膨润土，主动防水，不会老化，也不会因干湿和冻融反复循环而降低防渗效果，具有永久防水性能，使用寿命长。不能与二衬合为一体，易窜水；膨润土防水毯透水性极低，能与二衬合为一体，不易窜水。
复合土工膜遇基层异物、水压不匀易造成破漏，致防渗失败；膨润土防水毯属柔性材料，能较好地适应不均匀沉降，可以适应复杂的施工现场。发生破损，修复难度大；膨润土防渗毯具有独特的自我修复功能，即使锐利异物刺破膨润土膨胀后形成的凝胶可迅速自行修复，防水安全保障性能优异。
膨润土防水毯属于环保型材料，施工时，不会产生任何污染，同时不会完全隔断防渗体上下水体的联系，可保持与周边生态环境的交互融合，利于水生动植物、微生物生长繁殖，形成良好的生态环境，且植物可穿透防水毯自由生长，也不至于发生漏水，是一种改善生态环境的新型材料。

复合土工膜施工需要特殊焊接、黏结工具，而且工艺要求高，焊接质量检测繁琐，管线贯穿封口困难，对施工温度有限制；膨润土防水毯对铺设场地及回填覆盖土的要求比较低，对施工温度没有要求，一般的基底经压实后就可满足铺设要求，自然搭接，节点处理便捷可靠，尤其在管道、贯通及建筑物周边等特殊界面的结合部位，施工更便利，接缝处的密封性更有保障，质量检测方便，铺设简便而且成本低，有效缩短施工周期。经过充分比较、论证后，确定选用钠基膨润土防水毯作为河道综合治理工程底部防渗铺设材料。